L’organisation de l’administration de l’ENSEA dans ces grandes lignes a été fixée par la loi n° 69-238 du 9 juin 1969 portant création d’un établissement public chargé de former des techniciens de la statistique.
Cette organisation a été modifiée par le décret n° 91-642 du 9 octobre 1991 déterminant les attributions, l’organisation et le fonctionnement de l’Ecole Nationale Supérieure de Statistique et d’Economie Appliquée (ENSEA).
Ce décret précise les organes de l’école qui sont :
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La Commission de gestion
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La Direction
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Les Structures Pédagogiques
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Les Organes techniques.
La tutelle administrative et technique sur L’ENSEA est exercée par le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique et la tutelle financière par le Ministère chargé de l’économie et des finances.